События разворачиваются в 1986 году. Томми Версетти, вышедший после 15 лет тюрьмы, отправляется в Вайс Сити по заданию своего босса Сонни Форелли проконтролировать сделку по продаже наркотиков. Сделка происходит в корабельных доках Вайс Сити. Неожиданно она срывается. Люди, с которыми Томми находился во время сделки, гибнут, а сам Версетти выживает благодаря встретившему его Кену Розенбергу — адвокату и приближенному лицу к мафии Форелли. Томми поселяется в местной гостинице с видом на океан. Он звонит оттуда Сонни и сообщает о провале. Сонни взбешен и требует от Томми вернуть деньги и товар. Так начинаются приключения Томми Версетти в Вайс Сити.

Томми постепенно осваивается в городе, выполняет задания влиятельных людей, например, Эйвери Каррингтона — магната, управляющего недвижимостью, или полковника в отставке Кортеса. В городе он знакомится с Лэнсом Вэнсом, братом погибшего во время сделки Виктора. Чуть позже они становятся друзьями. Лэнс выяснил, что сделку сорвал наркобарон Рикардо Диас и из-за него погиб его брат. Лэнс предложил сразу убить его, но Томми не стал торопиться и оставался вместе с ним у Диаса на заданиях до тех пор, пока Лэнс не попытался осуществить свою месть в одиночку. В последний момент Томми узнал, что Лэнса похитили и пытают люди наркобарона. Томми спас Лэнса и оставил его в больнице, пока тот не подлечился и не появился снова — с солидным запасом оружия в багажнике. Томми и Лэнс проникли в особняк Диаса, перебили охрану и застрелили наркобарона, после чего Томми стал хозяином его виллы и начал сколачивать собственную криминальную империю.

Томми постепенно становится авторитетным бандитом в городе, под его контроль переходят объекты, которые раньше платили «дань» Диасу. Он с успехом пресекает несколько попыток помешать ему (со стороны конкурирующих банд и полицейских). Также он налаживает контакт с авторитетными бандами Гаитян и Кубинцев, с байкерами, с рок-группой Love Fist, которую продюсирует местный бабник, старый знакомый Томми Кент Пол. Помимо всего, Томми начинает скупать городскую недвижимость, которая ему приносит прибыль. Лэнс недоволен тем, что ему достается совсем маленькая доля «бандитского счастья» и постоянно звонит Томми с претензиями в самые неподходящие моменты.

Слухи о возрастающем авторитете Томми дошли и до клана Сонни Форелли. Сонни начинает звонить Томми на телефон и требовать эти деньги да плюс ещё и компенсацию. Томми отказывает, к нему начинают прибывать бандиты из мафии Форелли с целью разобраться, но их попытки безуспешны. Дело дошло до того, что Сонни лично прибыл в Вайс Сити за деньгами. Томми решил отделаться фальшивыми тремя миллионами, но тут его открыто предает Лэнс, сообщив, где находятся деньги. Становится понятно, что Сонни всегда завидовал таланту Томми, безукоризненно выполнявшего все его задания. Именно из-за Сонни Томми отсидел 15 лет, именно Сонни с помощью Диаса сорвал сделку. В решающей битве Томми убивает предателя Лэнса и Сонни. Теперь Томми Версетти — главная преступная фигура Вайс Сити.