Сюжет The Second Encounter HD стартует там, где закончился первый эпизод игры. Крутой Сэм на летающей тарелке сирианцев отправляется на поиски Ментала, однако далеко улететь ему не удаётся — летающая тарелка терпит крушение в джунглях Центральной Америки. Теперь Сэму предстоит совершить путешествие во времени, побывать в городе майя Теотиуакане, древнем Вавилоне и средневековой Европе, чтобы в конце концов раздобыть священный Грааль, который поможет ему в нелёгкой борьбе с силами зла.