Сюжет The First Encounter HD повествует о некоем открытии, данном человечеству в виде заложенного в землю Египта артефакта от могущественной цивилизации Сириуса. С его помощью человечество резко продвинулось в прогрессе, однако при исследовании космоса наткнулось на беспощадную расу инопланетян, уничтожающих всё на своём пути. В многочисленных боях человечество теряло свои позиции, в результате было отброшено из своих многочисленных систем к родной планете. Однако тут учёные обнаруживают древний артефакт «Ключ к вечности», который может переместить одного человека в далёкое прошлое на борьбу с захватчиками. Таким человеком оказывается Сэмюель Стоун, один из самых отважных бойцов с инопланетянами. Он перемещается в Древний Египет, чтобы расправиться с предводителем инопланетян — Менталом — и вернуться в своё время.