На правах главного героя числится сержант Джеймс Хэллер.
В один прекрасный день он возвращается из военной «командировки» в
родной город Нью-Йорк, узнает о гибели всей своей семьи и нашествии
мутантов, которые и виноваты во всем случившемся. Отсюда вытекает вторая
сенсация. Главной целью Джеймса станет убийство Алекса Мерсера, главного героя первой Prototype.
И для этого наш вояка тоже становится мутантом и получает кучу
невиданных сил. Ведь без них ему одолеть «создателя» Алекса не удастся.
