События игры разворачиваются в ноябре 1974 года в Латинской Америке, спустя 10 лет после событий Metal Gear Solid 3: Snake Eater и через 4 года после Metal Gear Solid: Portable Ops. В республике Коста-Рика в обстановке глубокой тайны создаётся целая засекреченная армия — таинственные вооруженные силы с новейшим оружием; армия носит название Peace Sentinels. Правительство страны, ещё в 1949 году отказавшейся от собственной армии, не в состоянии препятствовать вторжению, но и не может обратиться к более сильным соседям. Присутствие PS нарушает баланс сил между Востоком и Западом. Поэтому правительство Коста-Рики тайно нанимает Нейкед Снейка и его вооружённую группировку, чтобы те без лишнего шума разобрались с вторжением.