Действие игры происходит в мире Кроносе, захваченном вторым Змеиным наездником (англ. Serpent Rider), Кораксом. С его братом Д\'Спарилом игрок (эльф Корвус) боролся в игре Heretic. В начале игры можно выбрать персонажа и его класс — воин, маг или клерик.

В основе сюжета лежит тот же принцип, что и в игре Heretic: игрок — единственный оставшийся в живых представитель своей расы в мире, захваченном одним из Змеиных всадников. Единственное отличие — в Hexen выжили три героя. В однопользовательском режиме они действуют как бы независимо друг от друга, а в многопользовательском — могут объединить свои силы. Кроме того, к ним может присоединиться четвёртый.

В плане геймплея создатели Hexen существенно разнообразили монотонность стандартного шутера от первого лица: помимо истребления монстров игроку приходится решать квестовые задачки, в основном сводящиеся к поиску выключателей и дверей, которые они открывают. В отличие от игр Doom и Heretic появилась возможность возвращаться на ранее пройденные уровни. Сложность игры состоит и в том, что кнопка, нажатая на одном уровне, может открыть дверь на другом, таким образом, игроку приходится часто путешествовать между уровнями и искать открывшиеся двери. Некоторые объекты активируются только после нажатия всех нужных кнопок на нескольких уровнях подряд.
Скриншот игры Hexen с портом jHexen

Hexen использует модифицированную версию движка игры Doom, который позволяет (как и в игре Heretic) смотреть вверх и вниз, играть по сети восьми игрокам и выбирать персонажа из трёх классов. Эта игра также сделала популярной систему хабов, характеризующую продвижение игрока по уровням в жанре шутеров от первого лица. В отличие от предыдущих игр, которые воспроизводили музыку исключительно в формате MIDI, Hexen обладал способностью проигрывать треки с аудио-CD. Создатели Hexen улучшили движок игры Doom многими другими способами: появились более обширные уровни, мерцающий свет, звук на триггерах, брызги и следы на воде, течение воды, опадающие с деревьев листья, анимированное небо со вспышками молний, туман. Игрок получил возможность приседать, прыгать и даже летать. Кроме того, некоторые двери открывались в трёх измерениях, архитектурные элементы могли двигаться в горизонтальной плоскости и поворачиваться вокруг своей оси.

По сравнению с Doom и Heretic появились новые типы монстров — подводные и подземные. Некоторые монстры, кентавры, получили возможность не только нападать, но и защищаться от выстрелов игрока, отражая его выстрелы щитом в него самого. Также появились новые типы артефактов, позволяющие, например, быстрее перемещаться, летать, превращать противников в свиней, а также вызывать специального монстра, который будет помогать игроку.

Также в Hexen была реализована функция «falling damage» — при падении с большой высоты игрок может получить серьёзные повреждения или даже разбиться.