Игрок вновь поднимает монтировку ученого-исследователя Гордона Фримена, который обнаруживает себя на наводненной чужаками Земле, ресурсы которой стремительно опустошаются, а население вырождается. Фримену навязана неизбежная роль спасителя человечества от того зла, которое он выпустил на свободу в Черной Мезе. И очень многие дорогие ему люди надеются на него.